Ayvalık, M.Ö. 1500 tarihinden bu yana çeşitli toplumların yerleşim yeri olmuştur. Balkanlardan kopup gelen Mysia’lılar bu bölgeye gelip yerleşmişlerdir. Sırasıyla Hititler, Frigleri Lidyalılar, Persler, Bergama Krallığı ve Roma egemenlikleri altında yaşamışlardır.
Mübadele yoluyla Ayvalık’tan ayrılan Rumlar, daha sonra yayınladıkları kitapta Ayvalık’ı Aiolis’in başkenti olarak tanımlarlar. Türklerin Anadolu’ya gelmesi ve Osmanlı Devleti’nin kurulmasıyla Türklerin egemenliğine geçen bölge, bir görüşe göre 1620’li yıllarda Celali İsyanlarında Kayseri’den gelen Osmanlı Rumları tarafından kurulmuştur. Bir görüşe göre ise 1770 tarihinden itibaren Osmanlı İmparatorluğu içinde, farklı bir konumda özerk bölge olarak Rumların yaşadığı yalnızca devlet görevlilerinin Türk olduğu bir döneme girmiştir.
Osmanlı’nın Çeşme önlerinde Rus donanmasına yenilmesiyle karaya çıkan Cezayirli Hasan Paşa, İzmir’in savunmasını sağlayıp, İstanbul’a dönerken Ayvalık’tan geçmiş ve burada tanıştığı, yardımlarını gördüğü bir Ortodoks Papazı ile dost olmuş. Daha sonra Kaptan-ı Deryalığa ve sadrazamlığa kadar yükselmiş olan Hasan Paşa, Ortodoks Papazı’nın isteklerine uyarak, Ayvalık’ın Osmanlı içinde özerk bir bölge olmasına öncülük etmiştir.
Ayvalık, tarih içinde Cisthana, Cisthena, Taliani, Kydonia gibi isimler almıştır. Ayvalık Cunda’da ilk belediye, İstanbul’dan 6 yıl önce kurulmuştur. Cumhuriyet döneminde bir değişim (mübadele) programı çerçevesinde, Girit, Midilli ve Balkan’larda yaşayan Türkler, Anadolu’da yaşayan Rumlarla karşılıklı değiştirilerek Girit, Midilli, Balkan’lardan göç eden mübadillerin çocukları ve torunlarıdır. Girit Mübadilleri, Girit’te konuşulan ve bugünkü Yunanca’nın bir lehçesi gibi olan Girit Dili’ni (Giritçe) iyi bilirler. Onların çocukları, torunları da atalarından kısmen öğrendikleri bu dille, Yunan turistlerle kolayca anlaşabilmektedir. Midilli ve Batı Trakya göçmenleri Yunanca bilmez. Bu gerçeğin nedenleri ile birçok araştırma yapılmıştır.
